O prefeito se tornou réu no processo que investigava possíveis desvios de medicamentos e materiais hospitalares do Hospital das Clínicas Samuel Libânio em outubro de 2018. A denúncia apresentada pelo Ministério Público Federal tinha como base compras feitas pelo prefeito diretamente na farmácia do hospital. A denúncia foi aceita pela Justiça Federal no dia 10 de agosto de 2018.

Além de Simões, Silvia Regina Pereira da Silva, que na época era diretora executiva da Fundação de Ensino Superior do Vale do Sapucaí (Fuvs) e é a atual secretária de Saúde de Pouso Alegre, e Renata Lúcia Guimarães Risso, que era coordenadora da Fuvs quando as compras foram feitas, também eram rés no processo. Elas também foram condenadas pelo crime de peculato.

O crime de peculato é caracterizado pela subtração ou desvio de dinheiros ou bens públicos, e por inserção de dados falsos em sistemas de informação. Todos os condenados poderão recorrer em liberdade.

Rafael Simões foi condenado a 10 anos de reclusão. A pena deverá será ser cumprida em regime fechado. Além disso, o juiz fixou uma pena 50 dias-multa no valor de R$ 1561,50.

Silvia Regina Pereira da Silva recebeu a mesma pena que Rafael Simões. Ela foi condenada a 10 anos de reclusão em regime fechado e deverá pagar uma pena 50 dias-multa no valor de R$ 1561,50.

Já a ré Renata Lúcia Guimarães Risso foi condenada a quatro anos de reclusão em regime aberto. Entretanto, a pena dela foi substituída por prestação de serviços à comunidade. A pena será de 1.460 horas de prestação de serviços a uma instituição da cidade. Além disso, ela deverá pagar multa de R$ 1.561,50.

A decisão da Justiça cabe recurso. Por meio de nota, o prefeito Rafael Simões se pronunciou sobre a decisão da Justiça.

"No início da noite de ontem, tomei conhecimento da decisão proferida pelo Juiz Federal Substituto da 2ª Vara Federal de Pouso Alegre no processo que apura a regularidade da compra de R$2.851,41 de materiais do Hospital Samuel Libânio. Entendo que a decisão foi equivocada, destoando inclusive do que foi decidido, sobre os mesmos fatos, pela Juíza Titular da 1ª Vara Federal em outro processo, no qual fui absolvido, há menos de quatro meses. Por isso, encarreguei meus advogados de providenciar o devido recurso. Confiante no trabalho deles e seguro de que, ao final, será feita a justiça, posso continuar focado no trabalho à frente da Prefeitura de Pouso Alegre, onde ainda há muito a realizar!"

Em agosto deste ano, o prefeito Rafael Simões, Silvia Regina Pereira da Silva e Renata Lúcia Guimarães Risso foram absolvidos da acusação de improbidade administrativa. A decisão foi da juiza federal Tânia Zucchi de Moraes, da 1ª Vara Cível e Criminal da Justiça Federal de Pouso Alegre. A ação pedia o bloqueio de bens de Rafael Simões e Silvia Regina.

Uma sindicância interna foi realizada para apurar possíveis desvios de medicamentos e materiais hospitalares da farmácia do Hospital Samuel Libânio, no período em que Rafael Simões (DEM) foi presidente da fundação.

A sindicância apurou que, a pedido do prefeito, a diretora executiva da fundação e atual secretária de Saúde, Silvia Regina Pereira da Silva, determinava aos funcionários da farmácia a retirada de medicamentos e materiais sem prescrição médica. Nas audiências, os funcionários ouvidos relataram que esses materiais eram entregues a Rafael Simões.